TEXTO TRADUZIDO (texto original abaixo)

O espectro de mutações em uma grande coorte brasileira de doenças doenças hereditárias da retina

Fernanda B. Porto1,2 , Zachry Soens3 , Shirley A. Sampaio1 , Igor M. Maia4 , Millena C. Sousa4 , Yumei Li3 , Shan Xu3 , Katharina Schulze3 , Renata T. Simoes4 , Rui Chen3 

Objetivo: O objetivo deste estudo foi examinar o espectro de mutações em uma grande coorte de etnia não estudada que compreende a quinta maior populosa nação do mundo, para trazer diagnóstico molecular aos pacientes, permitir acesso a testes clínicos e tratamentos emergentes, e relatar as variantes patogênicas  para a comunidade científica, para avançar os estudos em doenças retinianas.

Método: Pacientes brasileiros consentidos foram recrutados desde Julho de 2012. O protocolo do estudo atendia aos princípios da Declaração de Helsinki e foi aprovada pelo Comitê de Ética Institucional. 1492 pacientes estão disponíveis nesta coorte, com várias doenças incluindo Retinose Pigmentar (RP), Doença de Stargardt (STGD)/STGD-like, Síndrome de Usher, e Amaurose Congênita de Leber (ACL). O DNA genômico foi extraído de amostras de sangue e genotipados por sequenciamento de captura de 224 genes conhecidos de doenças retinianas conhecidas usando "next-generation sequencing" (NGS). O DNA capturado foi sequenciado na plataforma Illumina HiSeq e os dados NGS foram processados por programa de bioinformática com anotação das chamadas variantes. Pacientes com resultados negativos no painel de sequenciamento foram encaminhados para sequenciamento de todo o exoma (whole exore sequencing). Os resultados dos primeiros 300 pacientes estão sendo reportados aqui.

Resultados: O diagnóstico molecular foi possível em 80% de ACL, 60% de RP, 35% de STGD/STGD-like, e 80% de Síndrome de Usher. Aproximadamente 70% das variantes causais identificadas neste estudo são novas quando comparadas às variantes descritas patogênicas no Human Gene Mutation Database.

Conclusões: As taxas de resultados positivos para cada coorte de doença é similar ao descrito na literatura para outras etnias, apesar de que a distribuição de cada gene afetado foi diferente. Em pacientes ACL caucasianos CEP290 é o gene mais afetado, enquanto nos Brasileiros CRB1 contribui para a maioria dos pacientes. Nos pacientes brasileiros portadores de RP, RHO, EYS, e PRPH2 são os genes mais frequentemente mutados, enquanto nos pacientes chineses e caucasianos com RP, USH2A e ABCA4 são os dois genes mais aterados. Descobrir a base genética das doenças da retina em etnias não estudadas permanece um importante método de ampliar nosso conhecimento sobre diferentes causas de doenças retinianas que pode contribuir para tratamentos futuros.

1 INRET - Clínica e Centro de Pesquisa, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 1 INRET - Clínica e Centro de Pesquisa, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 2 Departamento de Retina e Vítreo, Centro Oftalmológico de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 4 Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 4 Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 4 Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil

TEXTO ORIGINAL:

The mutation spectrum of a large Brazilian inherited retinal disease cohort

Fernanda B. Porto1,2 , Zachry Soens3 , Shirley A. Sampaio1 , Igor M. Maia4 , Millena C. Sousa4 , Yumei Li3 , Shan Xu3 , Katharina Schulze3 , Renata T. Simoes4 , Rui Chen3 

Purpose: The purpose of this study was to examine the mutation spectrum of a largely unstudied ethnicity which comprises the world’s fifth most populous nation in order to assign a molecular diagnosis to patients, enable access to clinical trials and emerging treatments, and to report the identified pathogenic variants to the retinal disease community to advance the study of retinal diseases.

Methods: Brazilian consenting patients were recruited starting in July 2012. The study protocol adhered to the tenets of the Declaration of Helsinki and was approved by the local ethics committee. 1492 patients are available in this cohort with various diseases including Retinitis Pigmentosa (RP), Stargardt (STGD)/STGD-like disease, Usher syndrome, and Leber Congenital Amaurosis (LCA). Genomic DNA was extracted from patients’ blood samples and genotyped by capture sequencing of 224 known retinal disease genes using next-generation sequencing (NGS). Captured DNA was sequenced on the Illumina HiSeq platform and NGS data was processed by an in-house bioinformatics pipeline leading to annotated variant calls. Patients with negative results from our panel sequencing were further analyzed by whole exome sequencing. The results of the first 300 patients are being reported herein.

Results: A molecular diagnosis was able to be assigned in 80% of LCA, 60% of RP, 35% of STGD/STGD-like, and 80% of Usher syndrome. Approximately 70% of causative variants identified in this study were novel when compared to variants reported to be pathogenic in the Human Gene Mutation Database.

Conclusions: The solving rates obtained for each disease cohort are similar to published cohorts of other ethnicities found in literature, however the distribution of which genes are affected differs. In Caucasian LCA patients CEP290 is the most widely affected gene, while in Brazilians CRB1 accounts for the majority of disease. In Brazilian RP patients RHO, EYS, and PRPH2 are the most frequently mutated genes, while in Chinese and Caucasian RP patients USH2A and ABCA4 are two of the most frequently mutated. Discovering the genetic basis of retinal disease in unstudied ethnicities remains an important method to expand our knowledge about the different causes of retinal disease which can help lead to treatments.

1 INRET - Clínica e Centro de Pesquisa, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 1 INRET - Clínica e Centro de Pesquisa, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 2 Departamento de Retina e Vítreo, Centro Oftalmológico de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 3 Human Genome Sequencing Center Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, Texas, United States; 4 Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 4 Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil; 4 Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil